パートナーへの報酬は後付けできますか？

はい、申込みに対する紹介者（パートナー）を後から付けることができます。
口頭で紹介される場合や、なんらかの理由で紹介者情報が管理画面に反映されない場合などに利用できます。

継続課金の場合についても、２回目の課金がなされていなければ成果が登録されます。
２回目以降の課金がされている場合は、紹介者情報のみが登録され、次回の課金から報酬が発生するようになっています。

詳しくはこちらで参照ください。