パートナー機能で気をつけることがあれば教えてください

パートナーへの報酬は、商品に登録されている金額で計算されます。
商品代金の％（パーセンテージ）で計算する方式を採用されている場合においても同じです。

よって、管理画面にて購入時の代金から値引きなどを行い、お客様の支払額を下げると報酬のほうが大きくなってしまうという事が起こりますのでお気をつけください。